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Die Orykognostische und die Edelstein-Sammlung sind die Grundlage des von Werner aufgestellten, 1789 unter dem Titel Mineralsystem des Herrn Inspektor Werners mit dessen Erlaubnis herausgegeben veröffentlichte und von ihm ständig weiterentwickelte Mineralsystematik, die nach seinem Tod 1817 als Abraham Gottlob Werner's letztes Mineralsystem herausgegeben wurde.

Diese Systematik ist in die vier Geschlechter Erdige, Salzige, Brennliche und Metallische Fossilien mit insgesamt 317 damals bekannten Mineralen unterteilt und bediente sich, unter Nutzung der Kriterien der Kennzeichenlehre, weitgehend einer chemisch basierten Klassifikation.